1961年埼玉県生まれ。1984年国際基督教大学教養学部理学科（物理学専攻）卒業。1988年より米カーネギー・メロン大学客員研究員。1991年京都大学博士号（工学）取得。1993年ソニーコンピュータサイエンス研究所入社。2011年同代表取締役社長。1998年10月～2008年9月、科学技術振興事業団ERATO北野共生システムプロジェクトとその後継プロジェクトの総括責任者兼務。2003年10月より、同プロジェクトの発展継続プロジェクト、独立行政法人 科学技術振興機構 北野共生システムプロジェクト（ERATO-SORST）の総括責任者。2001年4月、特定非営利活動法人システム・バイオロジー研究機構を設立、会長を務める。公益財団法人がん研究会 がん研究所 システムバイオロジー部 部長。学校法人沖縄科学技術大学院大学学園教授。理化学研究所 統合生命医科学研究センター 疾患システムモデリング研究グループ グループディレクター。慶應義塾大学大学院理工学研究科客員教授。ロボカップ国際委員会ファウンディング・プレジデント。Computers and Thought Award (1993)、Prix Ars Electronica (2000)、日本文化デザイン賞（日本文化デザインフォーラム）(2001)、ネイチャーメンター賞中堅キャリア賞（2009）受賞。ベネツィア・建築ビエンナーレ、ニューヨーク近代美術館(MoMA)等で招待展示を行う。